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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  44 lines
  1. ***********************************************************
  2. * Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signatures *
  3. ***********************************************************
  4.  
  5. Succinate dehydrogenase (SDH) is a membrane bound complex composed of two main
  6. components: a   membrane-extrinsic   component   composed   of  a  FAD-binding
  7. flavoprotein and an iron-sulfur protein; and a hydrophobic  component composed
  8. of a cytochrome B and a membrane anchor protein. The cytochrome b component is
  9. a mono heme transmembrane protein [1,2] which belongs to a family that groups:
  10.  
  11.  - Cytochrome b-556 from Escherichia coli SDH (gene sdhC).
  12.  - Cytochrome b560 from the mammalian mitochondrial SDH complex.
  13.  - Cytochrome b from yeast mitochondrial SDH complex (gene SDH3 or CYB3).
  14.  - A probable cytochrome b subunit encoded in the  mitochondrial genome of the
  15.    plant Marchantia polymorpha.
  16.  
  17. These cytochromes  are  proteins  of  about  130  residues that comprise three
  18. transmembrane regions.  There  are  three  conserved  histidines; two them are
  19. suggested to be involved in the binding of the heme group and the third one to
  20. participate in the binding of ubiquinone.
  21.  
  22. We have  developed  two  signature patterns that include these three histidine
  23. residues.
  24.  
  25. -Consensus pattern: R-P-[LIVM]-x(3)-[LIVM]-x(6)-[LIVM]-x(4)-S-x(2)-H-R-x-[ST]
  26.                     [H could be a heme ligand]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Consensus pattern: H-x(3)-[GA]-[LIVM]-R-H-[LIVM](2)-[WM]-D-x-[GA]
  31.                     [The first H could be a heme ligand]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Note: the di-heme cytochrome b-558 from Bacillus subtilis  SDH complex is not
  36.  a member of this family.
  37.  
  38. -Last update: June 1994 / First entry.
  39.  
  40. [ 1] Yu L., Wei Y.Y., Usui S., Yu C.A.
  41.      J. Biol. Chem. 267:24508-24515(1992).
  42. [ 2] Abraham P.R., Mulder A., Van't Riet J., Raue H.A.
  43.      Mol. Gen. Genet. 242:708-716(1994).
  44.